Eigentlich ist der Name unserer Schule falsch! Aber das ist auch fast schon wieder besser als die ganze Wahrheit, denn Haeckel hieß in Wirklichkeit Ernst Heinrich Philipp August Haeckel. Er wurde am 16. Februar 1834 in Potsdam geboren. Sein Geburtshaus stand damals in der Straße Am Kanal 24a. Heute kann man das Haus in der Yorkstraße 7 (nicht weit weg vom Platz der Einheit) noch sehen. Haeckels Vater Carl Gottlob Haeckel war ein Jurist und im Dienste Preußens als Beamter tätig. Das war auch der Grund dafür, dass die Familie Haeckel ein Jahr nach der Geburt von Ernst nach Merseburg umziehen musste. Sein Vater wurde dort Leiter der damaligen "Schulbehörde." In der kleinen Provinzhauptstadt wurde Haeckel groß und verbrachte dort auch seine Jugendzeit.
Seine Eltern waren liberale Christen. Seine Mutter Charlotte beeinflusste ihn mit ihrer Frömmigkeit, die ihm die Augen für die Natur öffnete. Seine Mutter beeinflusste ihn nicht nur geistig sondern auch körperlich: Von ihr hatte er die blauen Augen und die blonden Haare, was man auf seinen Bildern ja nicht unbedingt erkennen kann. Es war auch seine Mutter, die ihm den ersten Unterricht erteilte. Als Haeckel 6 Jahre alt war, engagierten die Eltern den Privatlehrer Carl Gude, zu dem Haeckel sich immer verbunden fühlte und der ihm die Botanik schon früh in seiner Jugend nahebrachte. Später, als er das Domgymnasium im Ort besuchte, fanden sich kaum Naturwissenschaften auf dem Lehrplan, die Haeckel ja brennend interessierten. Allerdings fand er in einigen jungen Lehramtskandidaten (in etwa Referendare) Förderer seiner Interessen im Bereich der Botanik. Als seine Schulzeit zu Ende ging, besaß Ernst Haeckel große systematische und floristische Kenntnisse. Weiterhin konnte er ein großes Herbarium (Pflanzensammlung/Katalog) seines Wohnortes Merseburg vorweisen. Haeckel besaß eine große Veranlagung für Ordnen, Systematisieren und Klassifizieren, die ihm später bei seinen Arbeiten viel geholfen hat. Er las oft in Natur- und Reisebeschreibungen von Wissenschaftlern, wie Alexander Humboldt und Charles Darwin. 
All diese Literatur weckte in Haeckel den Wunsch, Forschungsreisender zu werden und die Natur der Tropen zu studieren. Nach seinem Abitur wollte er in Jena Botanik studieren. Sein Vater hatte ihm empfohlen, ein Studium der Medizin zu vollziehen, aber Haeckel sah seine Berufung in der Botanik. Eine schwere Rheumakrankheit machte ihm einen Strich durch die Rechnung. So begann er 1852 ein Medizinstudium in Berlin. Nachdem das rheumatische Leiden auskuriert war, wechselte er nach Würzburg. Obwohl er sich vor allem Krankhaften ekelte, brach er das Medizinstudium auf Drängen des Vaters nicht ab. In seinem Studium widmete er sich mehr dem naturwissenschaftlichen Teil der Ausbildung als dem klinischen Teil. In der Studienzeit wurde er durch berühmte Wissenschaftler wie Rudolf Virchow und Albert von Kölliker, der ihm Anregungen für das Gebiet der Meereszoologie gab, begleitet. Im Jahr 1854 ging er nach Berlin zurück, um dort auf den Anatomen Johannes Müller zu treffen. Dieser eröffnete ihm das Gebiet der vergleichenden Anatomie und der Entwicklungsgeschichte niederer Meerlebewesen. Später ging er mit Müller auf eine Exkursion nach Helgoland, wo er den Entschluss fasste, sich mehr mit Zoologie als mit Botanik zu beschäftigen. Dieser Entschluss wurde noch durch eine weitere Exkursion nach Nizza bestärkt. Nach einigen Wechseln zwischen Universitäten wurde Haeckel zum Assistenten von Virchow und später zum Arzt. 1860 unternahm Haeckel seine erste echte Forschungsreise nach Italien, um später im Golf von Messina über 100 neue Arten von Strahlentierchen (Radiolarien) zu entdecken. Auf Basis dieser Reise gab er seine Habilitationsschrift ab. 1861 wurde er zum Professor an der Uni Jena für das Fach vergleichende Anatomie. Auch in seinem Privatleben tat sich vieles: Er heiratete seine Cousine Anna Sethe, die aber nur zwei Jahre nach der Hochzeit im Jahr 1864 an einer Krankheit verstarb. 3 Jahre später heiratete er Agnes Huschke. Aus dieser Ehe gingen 3 Kinder hervor. Im Jahr 1860 kam die erste deutsche Übersetzung von Charles Darwins Buch "On the Origin of Species" auf den Markt. Haeckel begann sich intensivst damit zu beschäftigen. Seine folgenden Lebensjahre waren fast nur dem Thema der Evolutionstheorie und Geschichte gewidmet (siehe Sein Werk). Im Jahr 1917 erschien sein letztes Werk Kristallseelen. Kurz nach Ende des Ersten Weltkrieges 1918 gründete er das Ernst-Haeckel-Museum, um das wertvolle Archivgut zur Frühgeschichte des sog. Darwinismus zu sichern. Am 9. August 1919 starb Ernst Haeckel im Alter von 85 Jahren in seiner Villa Medusa.